Mediante Acuerdo número 1 del 18 de enero de 1946, fue creada la Contraloría Municipal de Neiva, encargada de la vigilancia en la ejecución del presupuesto, del control de las cuentas y gastos, del empadronamiento y contabilización de todos los bienes y rentas del Municipio, de la organización de la Contabilidad y de la Estadística; Con la Ley 20 de 1975, se da origen a los controles previo, perceptivo y posterior (control numérico legal).
Se amplía la facultad de la Contraloría para fiscalizar a los particulares que manejen los bienes y recursos del Estado, y de refrendar los contratos de la deuda pública. Por otra parte, se crea la Comisión Legal de Cuentas de la Cámara de Representantes, con la función de fenecer o no la cuenta General del Presupuesto y del Tesoro. El control fiscal, constitucionalmente, da un giro de 180º.
Se elimina el control numérico legal y se da paso al posterior y selectivo (Art. 267 C.P.), fundamentado en la eficiencia, la economía, la eficacia y la valoración de los costos ambientales. Se concibe la Contraloría como una entidad técnica con autonomía presupuestal y administrativa. A través de la Ley 42, se establecen los procedimientos, sistemas y principios para el ejercicio de la vigilancia fiscal y se reglamenta el proceso de responsabilidad fiscal, el cual debe ser adelantado en dos Etapas: investigación y Juicio.
El proceso de responsabilidad tiene un vuelco total; mediante la Ley 610 se reduce a una sola etapa. Se define el concepto de gestión fiscal, los elementos para la responsabilidad fiscal, se fijan los términos para la caducidad y la prescripción y se extiende la responsabilidad fiscal a los herederos como consecuencia de la muerte del presunto responsable.
Dentro de las entidades que están sujetas de Control Fiscal por la Contraloría Municipal de Neiva figuran: El Municipio de Neiva, Empresas Públicas de Neiva, Empresa de Transporte Público “SETP” Transfederal S.A., Empresa Social del Estado Carmen Emilia Ospina de Neiva, Personería Municipal de Neiva, Curaduría Primera, Curaduría Segunda, Sociedad de Economía Mixta Ltda. y 36 Instituciones Educativas.